3 Eylül 1960'da Bursa'da doğan M.Emin Balkan 'ın annesi Bulgaristan Cebel kasabası Recepoğulları, babası Bulgaristan Cebel kasabası Bölcek köyünden 1951 yılında Türkiye'ye göç etmişler. Macide isminde bir kız kardeşi vardır.

Bursa Emek İlkokulu'nu 1971'de bitirdikten sonra  Bursa Yıldırım Beyazıt Lisesi'ndeki orta öğrenimimi 1971-1977 yılları arasında  tamamladı.1977-1983 yılları arasında Uludağ Üniversitesi Tıp Fakültesi'nde öğrenimimi tamamlayıp  tıp doktoru oldu. Eylül  1983-Eylül 1986 tarihleri arasında T.E.K. Edirne İl İşletme Müdürlüğü'nde işyeri hekimi olarak mecburi hizmetimi tamamladı. Eylül 1986'da Uludağ Üniversitesi Tıp Fakültesi Çocuk Cerrahisi Anabilim Dalı'nda başladığı uzmanlık öğrenciliğini 1991 yılında tamamlayarak Çocuk Cerrahisi Uzmanı oldu.1992-1993 yıllarında İngiltere,Southampton General Hospital'da Çocuk Ürolojisi ile ilgili klinik çalışmalara katıldı. Haziran 1993'de Yardımcı Doçent ünvanını aldı. Askerlik görevini 1993'de Etimesgut Hava Hastanesi'nde tabib er olarak tamamladı. 19 Kasım 1999'da Doçent,14 Temmuz 2005 tarihinde ise profesör ünvanını aldı. Halen Uludağ Üniversitesi Tıp Fakültesi Çocuk Cerrahisi Anabilim Dalı, Çocuk Ürolojisi Bilim Dalı Başkanlığı görevini sürdürmektedir. 

1986 doğumlu, Buğra isimli bir oğlu ve 2014 doğumlu Aslı isimli bir kızı olup, aile hekimi Tülay Hanım ile evlidir.

Bursa Tabib Odası, Ulusal Çocuk Cerrahisi Derneği, Çocuk Ürolojisi Derneği, Bursaspor, Yıldırım Beyazıt Liseliler Derneği ve BAL-GÖÇ derneklerinin üyesidir. 2000-2002 dönemi Yıldırım Beyazıt Liseliler Derneği başkanlığı, 1998-2001 yıllarında iki dönem BALGÖÇ Yönetim kurulu üyeliği,6 Ocak 2002 ile 12 Aralık 2011 arasında  BAL-GÖÇ Genel Başkanlığı  ve 12 Mart 2006 ile 4 Mart 2012 arasında Balkan Türkleri Göçmen ve Mülteci Dernekleri Federasyonu (BGF) Yönetim Kurulu Başkanlığı yapmıştır. Ayrıca Spina Bifida Derneği Bursa Şubesi’nin de başkanlık görevini yürütmüştür.